曲俊杰:讓生物信息學帶葡萄霜霉病研究跳一場華麗的探戈
  • 發布單位:院辦公室
  • 2020年10月22日 10時47分48秒
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廣西農業科學院首屆青年拔尖人才系列報道之二十一

曲俊杰:讓生物信息學帶葡萄霜霉病研究跳一場華麗的探戈

曲俊杰本科讀的是生物專業,學習期間,看見身邊很多同學都在報考國家計算機等級考試,一開始并沒有報名的他也想試一試。

也不知當時他身上從哪來的那股勁,別人報班學習,他卻想到自學。學什么好呢?一打聽,最難的是C語言,最難通過,但最有用。他想,難有什么好怕的,自學C語言就好了。

于是,他把考試費用交了,買了本教材自己看起來。學起來的時候,他才知道自己想得太簡單了,頭一兩章看起來還懵懵懂懂,但硬著頭皮往下看,越往后越迷糊,簡直一頭霧水,到最后一點都看不懂。

怎么辦?不學了?可考試費用已經交了,豈不浪費?可學又太難。那就繼續硬著頭皮往下看吧。既然前面的還沒有完全理解,那就再從頭來一遍吧。就這樣,曲俊杰又從頭開始過一遍,直到看不下去為止。來來回回看了五六遍,能看懂的越來越多,每看一遍都有更深的理解。到最后,憑著自己的堅持和執著,曲俊杰徹底征服了C語言。

通過這件事情,曲俊杰明白了一個道理:在最艱難的時候,不要放棄,再堅持一下,挺過去,后面就順了。同時也激發了他對計算機的興趣,樹立了自信,從此愛上了計算機這一學科。

在這之后,曲俊杰想盡辦法按照計算機專業的課程體系,自學了模擬電路、數字電路、單片機、計算機組成原理、算法與數據結構、編譯原理、操作系統、計算機網絡、數據庫、面向過程和面向對象的各類編程語言等所有的必修課程和重要的選修課程。學習的教材,有自己買的,有圖書館或者計算機專業認識的朋友借的或送的。自學過程中,并非一帆風順,有痛苦也有煎熬,但是興趣和堅持這兩樣東西讓他最終克服了所有的困難。

憑著頑強的自學能力,曲俊杰考取了北京航空航天大學的嵌入式軟件專業的研究生,繼續深入學習了更多的專業知識,研究了實時操作系統μC/OS和開源系統Linux的源代碼,并在當時位于上海的華為終端公司實習近一年,隨后到百度云計算事業部工作了4年。

在百度工作期間,因為機緣,曲俊杰經常到中國農業大學食品科學與營養工程學院盧江教授的實驗室閑逛,當盧江教授得知他具有生物和計算機專業的雙重專業背景之后,就饒有興趣地跟他講起了生物信息學、功能基因組學,說他的專業背景學起來非常容易,并提議他可以利用下班和節假日的閑暇時間給實驗室做兼職科研助理,幫助做一些數據分析工作,曲俊杰欣然答應。

就這樣,一開始,曲俊杰一邊上班,一邊偶爾寫點代碼做點分析工作。后來,需要分析的數據越來越多,再到后來啟動葡萄霜霉菌全基因組測序項目,整個分析工作全部由他來負責。在這個過程中,他一邊上班,一邊自學生物信息學的相關知識,同時經常通過各種渠道拜師學藝,虛心求教。

2015年剛到廣西農科院工作時,曲俊杰與同事一起負責重點實驗室的生物信息學平臺,除了完成自己的研究工作外,還參與了部分與其他研究所和團隊的合作工作,對于一些涉及生物信息學分析方面的需求提供服務。

隨著重點實驗室的轉型與發展,曲俊杰結合實際情況,逐漸確定自己的研究方向,個人以結合團隊研究方向開展生物信息學研究為主,與其他團隊合作研究為輔。

葡萄霜霉病是威脅葡萄產業發展的第一大病害,而廣西地區夏季高溫高濕多雨,發病尤其嚴重,從生物信息學角度深入研究葡萄抗霜霉病機制與霜霉菌致病機理、葡萄與霜霉菌的互作機制,對探索新的葡萄霜霉病防治手段和加速抗病育種進程具有重要意義。曾經在盧江教授的實驗室做過葡萄霜霉菌全基因組測序項目分析工作的曲俊杰再次燃起對這份工作的熱愛,負責并完成了多個葡萄、不同致病力霜霉菌的全基因組、重測序以及轉錄組的測序和數據分析工作,力求把這些項目的數據分析做精做細做透,獲取對未來后組學的實驗研究有價值的東西。在與團隊成員的密切配合下,他們順利完成了首個葡萄霜霉菌的全基因組測序工作。

隨著團隊不斷發展壯大,這些分析工作所體現的價值越來越凸顯。研究過程中,曲俊杰與團隊成員積極開展個性化的組學數據分析挖掘候選基因,為解決葡萄霜霉病這一難題提供各種分析支撐。他們的研究方向分別涉及到葡萄與霜霉菌互作的方方面面,拓展了團隊整體的研究方向,豐富了對葡萄與霜霉菌互作機制全貌的理解。而從組學數據中挖掘出的大量有價值的信息還有很多,正等待著下一步的深入研究,為開展后組學研究提供堅實的數據庫儲備。

幾年來,曲俊杰獲得國家自然科學基金和廣西自然科學基金各1項,發表SCI論文3篇,并將在項目中遇到的問題的解決方法提煉成多個發明專利并獲得授權。

生物與計算機,一個得天然而存在,一個因人類創造而生??此苾蓚€毫不相干的事物,卻有著驚人的相似之處。一個以AGCT僅僅4個堿基編碼出萬千世界,一個用0和1僅僅2個符號創造了無限可能;一個進化不止生生不息,一個更新迭代推陳出新??此茝碗s的現象背后,都是簡單到極致的幕后推手。

從生物學到計算機學,再到生物信息學,曲俊杰的跨學科經歷讓他獲得了不一樣的科學知識與感悟。他說,“在今后的研究過程中,我將利用自己的所學知識為解決葡萄霜霉病這一難題提供精準的數據分析,與團隊成員精密合作,力求在這一領域取得更大的成績?!?/p>


曲俊杰在對葡萄霜霉菌致病基因進行全基因組范圍預測鑒定

院辦公室  薛臣藝供稿/曲俊杰供圖  楊景峰審核

責任編輯:薛臣藝

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